就目前而言,对肺癌患者的ctDNA进行多基因甚至是全基因组分析,大部分使用的是二代测序技术。而二代测序技术中,常规的全基因组分析方法由于cfDNA中肿瘤基因组的含量较少,非常容易被大量生殖系基因组学变异(如基因融合与基因拷贝数增加)所埋没。另一方面,如需检测ctDNA中的ALK融合或者ROS1融合,由于包含融合点的DNA序列更为稀少,因此,对二代测序法的测序深度提出了极高的要求[76, 80, 81]。这一困难,目前正在被新的二代测序技术所逐渐解决。2014年Nature Medicine杂志中,Newman等[82]使用一种称之为深度测序肿瘤个体化建档法(cancer personalized profiling by deep sequencing, CAPP-Seq)的超敏感二代测序法检测非小细胞患者的ctDNA中特定的肿瘤基因变异。该方法的主要原理为采用RNA探针捕获技术结合二代测序平台检测基因组变异,由于只需扩增探针捕获的目标DNA序列,且在捕获片段的两端加上接头使每一条DNA片段的3’端和5’端完全相同,因此在测序深度能大大提高的同时保证了扩增的特异性。因此,可有效检测ctDNA中的包括ALK与ROS1融合在内的各种基因突变。. The gene discussed is ALK; the disease is cancer.